В результате проведенных исследований эксперт-бухгалтер составляет письменное заключение. 

Заключение — это процессуальный документ, в котором эксперт доводит до сведения органа или лица, назначившего экспертизу (ст. 204 УПК РФ), свои выводы. Устные ответы эксперта в суде или при проведении допроса на следствии необходимы для разъяснения письменного заключения, но не для его замены.

Заключение эксперта не может быть основано на документах, которые не были приобщены следователем к делу.

Заключение эксперта будет некомпетентным при условии, что он учтет не все предоставленные ему материалы, имеющие значение для решения вопросов, поставленных перед ним. 

Заключение эксперт-бухгалтера составляется согласно требованиям ст. 57, 204 УПК РФ.

Экспертное заключение должно соответствовать процессуальному законодательству и отражать объективные данные, имеющие доказательную силу, обнаруженные экспертом в процессе исследования объекта. Оно должно быть полным и логически обоснованным. Соблюдение полноты экспертизы заключается;

• в полноте исследования всех представленных на экспертизу объектов;
• полноте ответов эксперта на все поставленные перед ним вопросы;
• обоснованности такого отказа;
• полноте описания хода и результатов исследования.

Логическая обоснованность заключения проявляется в отсутствии формально-логических ошибок. Выводы эксперта должны быть мотивированными, не одержащими внутренних противоречий. Стиль изложения — официальный с применением профессиональных юридических и экономических терминов. Недопустимо образное  моциональное изложение. Юридическая квалификация не входит в компетенцию эксперта.

Заключение состоит из трех частей: вводной, исследовательской, заключительной, выводов). Во вводной части указываются:

• название экспертизы, ее номер и вид (дополнительная, повторная, комиссионная или комплексная);
• дата, время и место проведения бухгалтерской экспертизы;
• наименование органа (лица), назначившего экспертизу;
• необходимая информация об эксперте (фамилия, инициалы, специальность, образование, наличие ученой степени и звания, занимаемая им должность);
• даты поступления материалов на экспертизу и подписания заключения;
• основание для производства экспертизы (кем и когда вынесено постановление);
• перечень поступивших материалов;
• сведения о предупреждении эксперта об ответственности за дачу заведомо ложного заключения;
• сведения о лицах, присутствовавших при проведении экспертизы, их процессуальное положение;
• вопросы, поставленные на разрешение эксперта.

Вопросы формулируются экспертом так же, как они указаны в постановлении о назначении экспертизы. Недопустимо изменять формулировки вопросов, но при возникновении необходимости их уточнить эксперт обязан изложить вопрос следователя или суда, а затем пояснить, как он понимает задание в соответствии со своей компетенцией. При обнаружении вопросов, полностью или частично выходящих за рамки специальных познаний эксперта, необходимо отметить это в заключении. Эксперт свободен в выборе последовательности изложения вопросов, он группирует их так, чтобы обеспечить наиболее целесообразный порядок исследования.

Во вводной части также излагаются те вопросы, которые были поставлены по инициативе эксперта. 

В исследовательской части:

• описываются процесс проведения исследования бухгалтерских документов, его результаты;
• указываются исходные данные, которые были приняты на основе результатов следственных действий;
• дается научное обоснование установленным фактам, полученным в процессе проведения исследования;
• указывается, какие методы и способы исследования применялись при изучении бухгалтерских документов;
• обосновываются и объясняются величины и расчеты, которые использовались при производстве экспертизы;
• обосновываются расхождения между данными результатов исследования эксперта и ревизоров, при этом необходима ссылка на документы;
• указываются нормативные правовые акты, которые эксперт использовал при разрешении поставленных перед ним вопросов;
• описываются факты, имеющие отношение к предмету экспертизы, которые были получены в результате проведения следственных действий;
• при повторной экспертизе объясняются причины расхождения ее результатов с результатами первоначальной экспертизы;
• поясняются представленные приложения.

Необходимо установить соответствие между вопросами, разрешаемыми экспертом, и разделами исследовательской части. В том случае, если осуществлялось одновременное исследование двух и более взаимосвязанных вопросов, результаты подобного исследования могут быть изложены в одном разделе. 

Выводы эксперта (заключительная часть) излагаются в форме ответов на поставленные вопросы в последовательности, в которой вопросы представлены во вводной части экспертного заключения. На каждый из поставленных вопросов необходимо дать ответ либо указать причины, по которым ответ не может быть получен. Также заключение может содержать выявленные обстоятельства, по которым эксперту не были поставлены вопросы, но которые были установлены им в ходе исследования. Выводы должны быть четкими и ясными, чтобы исключить различные толкования. 

Заключение подписывает эксперт, который проводил исследование. Либо группой экспертов в случае проведения комиссионной экспертизы. Документ заверяется печатью экспертного учреждения и руководителем экспертного учреждения, затем направляется органу, назначившему экспертизу. Таблицы и графики, прилагающиеся к заключению, также подписываются экспертом и заверяются печатью экспертного учреждения. На них проставляются номер и дата заключения, к которому они составлены.