По общему правилу, оплата экспертизы в гражданском и арбитражном процессе осуществляется стороной, заявившей ходатайство о её назначении. Если судебный акт по итогам рассмотрения дела вынесен в пользу этой стороны, расходы на оплату экспертизы взыскиваются в её пользу с другой стороны (т.е. если экспертиза, например, назначена по ходатайству истца и иск удовлетворен, расходы на экспертизу взыскиваются с ответчика). Если иск удовлетворен частично, расходы на экспертизу распределяются пропорционально удовлетворенным требованиям (т.е., к примеру, если экспертиза назначена по ходатайству истца и иск удовлетворен на 50 %, с ответчика взыскивается половина суммы, выплаченной эксперту). В уголовном процессе затраты на экспертизу взыскиваются с осужденных или возмещаются за счет средств федерального бюджета.