Была некачественно оказана медицинская помощь приведшая к смерти. Была проведена независимая экспертиза которая подтвердила данный факт. Можем ли мы на основании данного заключения подать иск в суд для получения морального ущерба ?

Предъявить иск к медицинскому учреждению в данной ситуации, разумеется, можно.
Размер компенсации морального вреда законом не ограничен. Суд должен самостоятельно определить подлежащую ко взысканию сумму с учётом всех обстоятельств произошедшего (характера причинённых Вам нравственных и физических страданий, степени вины мед. учреждения, фактических событий, приведших к случившемуся, Ваших индивидуальных особенностей и т.п.), руководствуясь при этом принципами разумности и справедливости.