Выяснив, что необходимо назначить судебную экспертизу, сотрудник готовит постановление, а когда производство экспертизы связано с помещением лица, не находящегося в заключении, в стационар, возбуждает перед судом ходатайство, в котором указываются:

1. Основания назначения судебной экспертизы; 
2. Ф.И.О эксперта или экспертизы, в котором должна быть произведена судебная экспертиза;
3.Вопросы, поставленные перед экспертом;
4. Документы и материалы.Судебная экспертиза производится государственными судебными экспертами и иными экспертами из числа лиц, обладающих специальными знаниями. Следователь знакомит с постановлением о назначении судебной экспертизы подозреваемого, обвиняемого, его защитника и разъясняет им их права:

- знакомиться с постановлением о назначении судебной экспертизы;
- заявлять отвод эксперту или ходатайствовать о производстве судебной экспертизы в другом экспертном учреждении;
- ходатайствовать о привлечении в качестве экспертов указанных ими лиц либо о производстве судебной экспертизы в конкретном экспертном учреждении;
- ходатайствовать о внесении в постановление о назначении судебной экспертизы дополнительных вопросов эксперту;
- присутствовать с разрешения следователя при производстве судебной экспертизы, давать объяснения эксперту;
- знакомиться с заключением эксперта или сообщением о невозможности дать заключение, а также с протоколом допроса эксперта.
Об этом составляется протокол, подписываемый следователем и лицами, которые ознакомлены с постановлением.

Судебная экспертиза в отношении потерпевшего, а также свидетеля производится с их согласия или согласия их законных представителей, которое дается указанными лицами в письменном виде. Исключение составляют случаи, когда экспертиза (медицинская, психиатрическая, психологическая) назначается в целях установления:
- характера и степени вреда, причиненного здоровью;
- психического или физического состояния лица, когда возникает сомнение в его способности правильно воспринимать обстоятельства, имеющие значение для уголовного дела, и давать показания;
- возраста лица, когда это имеет значение для уголовного дела, а документы, подтверждающие его возраст, отсутствуют или вызывают сомнение.

Организация экспертизы по уголовному делу существенно различается в зависимости от того, производится она в государственном экспертном учреждении или соответствующим специалистом (группой специалистов) вне такого учреждения. Такое различие выражается прежде всего в том, что при производстве экспертизы в стенах определенного учреждения (как специализированного государственного экспертного учреждения, так и любого другого) тот, кто ее назначает, вступает в правоотношения с руководителем данного учреждения, которому вручаются постановление о назначении экспертизы и материалы, необходимые для исследования.

Если же экспертиза производится вне стен учреждения, то все правоотношения складываются непосредственно с экспертами. В государственных судебно-экспертных учреждениях Министерства юстиции РФ выполняются почерковедческие и автороведческие экспертизы, фототехнические и портретные, трасологические экспертизы и экспертизы видео- и звукозаписей, экспертиза оружия и следов выстрела, взрывотехническая экспертиза и криминалистическая экспертиза материалов, веществ и изделий, почвоведческая и биологическая экспертиза, автотехническая экспертиза, пожарно-техническая экспертиза, строительно-техническая экспертиза, бухгалтерская экспертиза, финансово-экономическая экспертиза, товароведческая экспертиза, технологическая экспертиза, компьютерно-техническая экспертиза .

В экспертно-криминалистических подразделениях органов внутренних дел РФ производятся следующие виды экспертизы:

автороведческая (исследование письменных текстов), автотехническая (исследование обстоятельств дорожно-транспортного происшествия;
технического состояния деталей и узлов транспортных средств; следов столкновения на транспортных средствах и месте дорожно-транспортного происшествия; маркировочных обозначений транспортных средств), баллистическая (исследование огнестрельного оружия, патронов к нему, следов их действия и обстоятельств выстрела), биологическая (экспертиза тканей и выделений человека и животных, в том числе исследование ДНК), ботаническая (исследование объектов растительного мира), бухгалтерская (исследование содержания записей бухгалтерского учета), видеотехническая (техническое исследование видеограмм), взрывотехническая (исследование взрывчатых веществ), геммологическая (исследование драгоценных, поделочных камней, их имитаций и изделий из них), дактилоскопическая (исследование следов рук человека), компьютерная (исследование компьютерной информации), лингвистическая (исследование текста письменного документа или устного высказывания в целях решения вопросов смыслового понимания), медико-криминалистическая (восстановление капиллярных узоров измененных кистей рук трупов, восстановление прижизненного облика и установление личности трупа по черепу), налоговая (исследование исполнения обязательств по исчислению налогов и сборов), пожарно-техническая (исследование закономерностей возникновения и развития пожара, следообразования на объектах, составляющих вещную обстановку места происшествия), портретная (идентификация (отождествление) личности по признакам внешности), почвоведческая (исследование объектов почвенного происхождения), почерковедческая (исследование почерка и подписей), технико-криминалистическая экспертиза документов (исследование документов и их реквизитов, технических средств, использованных для подделки; восстановление содержания поврежденных документов), трасологическая (исследование следов ног, зубов, губ, ногтей человека, обуви, транспортных средств, орудий и инструментов и т.д.), финансово-аналитическая (исследование финансового состояния), финансово-кредитная (исследование соблюдения принципов кредитования), фоноскопическая (идентификация лиц по фонограммам устной речи; техническое исследование фонограмм), фототехническая (исследование фотографических изображений, технических средств, используемых для их изготовления, и фотоматериалов), экспертиза материалов, веществ и изделий (исследование наркотических средств, психотропных, сильнодействующих и ядовитых веществ, специальных химических веществ, волокон, лакокрасочных материалов и покрытий, маркировочных обозначений, полимеров, металлов и сплавов, нефтепродуктов и горюче-смазочных материалов, порохов и продуктов выстрелов, стекла и керамики, резины и материалов письма и документов), экспертиза пищевых продуктов, в том числе спиртосодержащих жидкостей, экспертиза холодного и метательного оружия.

При производстве судебной экспертизы в экспертном учреждении следователь направляет руководителю соответствующего экспертного учреждения постановление о назначении судебной экспертизы и материалы, необходимые для ее производства. Руководитель экспертного учреждения после получения постановления поручает производство судебной экспертизы конкретному эксперту или нескольким экспертам из числа работников данного учреждения и уведомляет об этом следователя. При этом руководитель экспертного учреждения, за исключением руководителя государственного судебно-экспертного учреждения, разъясняет эксперту его права и ответственность, предусмотренные ст. 57 УПК РФ.

Руководитель экспертного учреждения вправе возвратить без исполнения постановления о назначении судебной экспертизы и материалы, представленные для ее производства, если в данном учреждении нет эксперта конкретной специальности либо специальных условий для проведения исследований, указав мотивы, по которым производится возврат. Если судебная экспертиза производится вне экспертного учреждения, следователь вручает постановление и необходимые материалы эксперту и разъясняет ему права и ответственность. Эксперт вправе возвратить без исполнения постановление, если представленных материалов недостаточно для производства судебной экспертизы или он считает, что не обладает достаточными знаниями для ее производства. 

Согласно ст. 197 УПК РФ следователь вправе присутствовать при производстве судебной экспертизы и получать разъяснения эксперта по поводу проводимых им действий (наверное, нужно бы сказать "по поводу выполняемого им исследования"). Факт присутствия следователя при производстве судебной экспертизы отражается в заключении эксперта. Эти правила позволяют следователю лично вникнуть в ход и методику экспертного исследования, дают ему дополнительные возможности для правильной оценки экспертного заключения, что особенно важно, когда исследование носит сложный, подчас уникальный характер. Присутствие следователя при производстве экспертизы может быть инициировано не только им самим, но и экспертом. Такая инициатива особенно логична в тех случаях, когда при производстве экспертизы присутствует обвиняемый, чьи объяснения и ходатайства имеют существенное значение для экспертных выводов, когда возникает необходимость в новых материалах, добыть которые можно только путем производства следственных действий, когда производство экспертизы связано с опытными действиями, укладывающимися в рамки самостоятельного следственного действия - следственного эксперимента и т.д.

Экспертное заключение, даже подготовленное в государственном экспертном учреждении, если при этом не соблюдены предусмотренные УПК РФ правила назначения и производства экспертизы (например, по собственной инициативе и заявлению обвиняемого), не может рассматриваться как доказательство в смысле ст. 80 УПК РФ. Орган расследования, в чьем производстве находится уголовное дело, приобщить такое заключение не обязан, что, однако, не исключает в принципе ни такой возможности, ни использования подобных письменных материалов в качестве доказательств в виде иных документов (УПК РФ).

Неоднократно упоминавшимся Федеральным законом "О государственной судебной экспертной деятельности в РФ" производство экспертиз по уголовным делам по заявлению частных лиц не предусмотрено. Но один из таких случаев оказался даже предметом рассмотрения в Конституционном Суде РФ. Обстоятельства дела: по заявлению гражданина Проня, обвиняемого по уголовному делу, государственное учреждение "Северо-Западный региональный центр судебной экспертизы Министерства юстиции Российской Федерации" подготовило экспертное заключение, а адвокат - защитник обвиняемого - заявил следователю ходатайство о приобщении этого заключения к материалам уголовного дела, на что последовал отказ.

Тогда Пронь обратился в Конституционный Суд РФ с жалобой, в которой оспаривал конституционность УПК РФ как не предусматривающих обязанность следователя приобщать к материалам уголовного дела в качестве доказательств экспертное заключение, полученное по инициативе обвиняемого, а не по постановлению следователя, что, по мнению заявителя, ставит сторону защиты в неравное положение со стороной обвинения.

Конституционный Суд РФ в принятии к рассмотрению данной жалобы отказал, поскольку она не отвечает законным требованиям, и в своем Определении, обосновывая этот отказ, указал, что "основанием для производства экспертизы в государственном судебно-экспертном учреждении является не заявление обвиняемого или его защитника, а постановление органа дознания, предварительного следствия, прокурора или суда", что "уголовно-процессуальное законодательство предусматривает определенный процессуальный механизм, который направлен на защиту от предъявленного обвинения при решении вопроса о назначении и проведении судебной экспертизы".