Хочу оформить лицензию на юр. лицо на перевозку опасных грузов внутренним водным транспортом. Обязательно ли наличие у старшего помощника капитана стажа не менее 5 лет?

Да, обязательно. Это предусматривает подпункт Б, пункта 4 Положения «о лицензировании деятельности по перевозкам внутренним водным транспортом, морским транспортом опасных грузов», входящего в Постановление Правительства РФ от 06.03.2012 №193 «О лицензировании отдельных видов деятельности на морском и внутреннем водном транспорте».